Vào mùa thu, đền Hakurei, ngôi đền duy nhất ở Gensokyo, số lượng người đến viếng thăm đền đã giảm, khiến đức tin giảm đi đáng kể. Trong khoảng thời gian này, Reimu, vu nữ của ngôi đền, bị một người lạ đến thăm, người tự xưng đại diện cho thần núi và ra lệnh cho cô ấy đóng cửa vĩnh viễn ngôi đền. Reimu từ chối, vì đền Hakurei đóng vai trò quan trọng trong việc duy trì Đại kết giới Hakurei, ngăn cách Ảo tưởng Hương với Thế giới bên ngoài. Kirisame Marisa, người bạn pháp sư của cô, nghi ngờ và cũng cảm thấy buồn chán. Cả hai đã quyết định đi lên núi Yêu quái để đối đầu với vị thần đứng sau những lời đe dọa đó.

Chiến đấu với các vị thần yếu hơn và một con hà đồng, người đã cảnh báo họ quay lại, Reimu và Marisa leo lên núi Yêu quái và phát hiện ra rằng hội Thiên cẩu đang lo lắng về sự hiện diện của một ngôi đền mới trên núi. Chuyển sự chú ý của họ đến ngôi đền mới, đền Moriya trên núi, các nhân vật nữ chính tìm thấy Kochiya Sanae, người đã ra lệnh cho họ đóng cửa đền Hakurei. Sanae là nữ tu phục vụ cho thần Yasaka Kanako, người âm mưu thu thập đức tin của tất cả cư dân của Gensokyo để ngăn chặn đức tin suy giảm thêm nữa, điều này sẽ khiến các vị thần mất sức mạnh. Vì điều đó sẽ khiến ngôi đền của cô trở nên lỗi thời, Reimu chiến đấu với Kanako, và Kanako được thuyết phục để làm hòa với tengu và kappa, những người được thuyết phục cũng đã chấp nhận cô là nữ thần của Núi Yêu quái.

Trong màn Extra, Reimu và Marisa nghe được tin đồn rằng có một vị thần khác sống trong đền Moriya, và vì vậy họ lại lên đường lên núi. Ở đó, họ gặp vị thần thực sự của Đền Moriya, Moriya Suwako, người đã yêu cầu họ chơi với cô.

ZUN đã tuyên bố trong một cuộc phỏng vấn rằng cốt truyện của Mountain of Faith không bao giờ được giải quyết một cách thực sự. Điều này là để các phần game trong tương lai như Subterranean Animism có thể dựa trên câu chuyện của họ dựa trên những kết thúc lỏng lẻo được tạo ra trong Mountain of Faith.[2]